L'Article 2 de l'Arrêté du 25 mai 2016 précise que "les écoles doctorales ou les collèges doctoraux" organisent la formation des doctorants et les préparent à leur activité professionnelle.
Tout au long de leur thèse, les doctorants en Philosophie bénéficient de deux types de formations.
Les formations disciplinaires dispensées par l'ED.487 (voir rubrique "Actualités" & Formations") et les formations transversales à visée professionnelle effectuées par l'Université de Lyon (Pôle Etudes doctorales).